Lietuvos agrarinės ekonomikos institutas kartu su parneriais įgyvendina tarptautinį projektą “LARS - Learning Among Regions on Smart Specialisation” (liet. Sumanios specializacijos mokymasis tarp regionų), Nr.#R042, skirtą stiprinti sumaniosios specializacijos strategijų kūrimą ir įgyvendinimą partnerių regionuose - Suomijoje, Švedijoje, Norvegijoje, Prancūzijoje, Latvijoje, Lenkijoje, Vokietijoje ir Lietuvoje. Projektą koordinuoja Regioninė Ostrobothnijos taryba (Suomija), jis įgyvendinamas bendradarbiaujant 11-ai mokslo ir viešojo sektoriaus institucijų.

Lietuvos agrarinės ekonomikos institutas (LAEI) 2015 m. rugsėjo mėn. pradėjo įgyvendinti Europos Sąjungos finansuojamą ERASMUS+ programos tarptautinį strateginių partnerysčių projektą „Verslumo vizija – metodai ir priemonės ūkininkų vadybos gebėjimams stiprinti Vidurio ir Rytų Europoje“ (ISM+ projektas), sutarties Nr. 2015-1-PL01 – KA202-016871.

Lietuvos agrarinės ekonomikos institutas įgyvendina projektą „DVIŠALIS BENDRADARBIAVIMO TINKLAS“ Nr. 1PM-PV-13-2-009518-PR001, remiamą  Lietuvos kaimo plėtros 2007–2013 m. programos Profesinio mokymo ir informavimo veiklos „Žemės ir miškų ūkio veiklos ir žemės ūkio produktų perdirbimo ūkyje mokslo žinių ir inovacinės praktikos sklaida“.

Lietuvos agrarinės ekonomikos institutas pradeda vykdyti Kaimo plėtros 2007–2013 m. programos Profesinio mokymo ir informavimo veiklos „Žemės ir miškų ūkio veiklos ir žemės ūkio produktų perdirbimo ūkyje mokslo žinių ir inovacinės praktikos sklaida“ srities projektą „Gamybos procesų valdymas ir integruotų informacinių sistemų infrastruktūros panaudojimas ūkių veiklos tobulinimui“ Nr. 1PM-PV-12-1-012592.

Lietuvos agrarinės ekonomikos institutas (LAEI) 2011 m. lapkričio mėn. pradėjo įgyvendinti Europos Sąjungos finansuojamą Leonardo da Vinci programos Naujovių perkėlimo tarptautinį projektą „Interaktyvi strateginio valdymo metodologija verslumui žemės ūkyje gerinti Vidurio ir Rytų Europoje“.

Lietuvos agrarinės ekonomikos institutas pagal pasirašytą sutartį su Lietuvos Respublikos užsienio reikalų ministerija š. m. birželio–lapkričio mėn. įgyvendina iš šios ministerijos administruojamos Vystomojo bendradarbiavimo ir paramos demokratijai programos lėšų finansuojamą projektą „Ekologinės žemdirbystės sertifikavimo sistemos darbuotojų kompetencijos gebėjimų stiprinimas ir konsultavimo sistemos patirties pristatymas Moldovos Respublikoje“.

Lietuvos agrarinės ekonomikos institutas nuo 2010 m. vadovauja tarptautiniam projektui „Ekokaimai kaip tvarios kaimiškųjų teritorijų raidos veiksnys“. Projektą įgyvendina dar 4 ES šalys – partneriai iš Suomijos, Latvijos, Lenkijos ir Švedijos, taip pat asocijuoti partneriai iš Baltarusijos, Suomijos, Vokietijos, Rusijos ir Švedijos.

Lietuvos agrarinės ekonomikos institutas (LAEI) pagal sutartį, pasirašytą su Lietuvos Respublikos užsienio reikalų ministerija, įgyvendina iš šios ministerijos administruojamos Vystomojo bendradarbiavimo ir paramos demokratijai programos lėšų finansuojamą projektą „Administracinių ir kompetencijos gebėjimų stiprinimas sertifikuojant ekologinę žemės ūkio gamybą Moldovos Respublikoje“, kurio pagrindinis tikslas – sustiprinti nacionalinių sertifikavimo įstaigų specialistų ir inspektorių gebėjimus bei pakelti jų kvalifikaciją.

Lietuvos agrarinės ekonomikos institutas pradeda vykdyti Kaimo plėtros 2007–2013 m. programos Profesinio mokymo ir informavimo veiklos „Žemės ir miškų ūkio veiklos ir žemės ūkio produktų perdirbimo ūkyje mokslo žinių ir inovacinės praktikos sklaida“ srities projektą „Žemės ūkio gamybos optimizavimas ūkininkų ūkiuose“.

2010 m. liepos 30 d. Lietuvos agrarinės ekonomikos institutas (LAEI) pasirašė susitarimą su Rumunijos žemės ūkio ekonomikos institutu dėl bendradarbiavimo mokslinių tyrimų srityje.

Tarptautinis projektas „Klimato kaitos įtaka ir galimybės Baltijos regionams vystytis“ įgyvendinamas pagal Baltijos jūros regiono tarpvalstybinio bendradarbiavimo programą „Baltijos jūros programa 2007–2013 m.“

Tai Jungtinių Tautų maisto produktų ir žemės ūkio organizacijos (FAO) projektas, kurio pagrindinis tikslas – pagerinti komunikaciją ir bendradarbiavimą tarp suinteresuotųjų pusių, dirbančių šioje srityje.

Agrarinės ekonominės politikos analizė naujosiose ES šalyse narėse, kandidatuojančiose į ES ir Vakarų Balkanų šalyse. Projekto tikslas –  naujų politinių sprendimų žemės ūkiui  paieška, tarptautinio ekspertų tinklo sukūrimas ir plėtojimas.Projekto trukmė – 2 metai.